Сергей Сергеевич Бодров родился 27 декабря 1971 года в семье писателя, сценариста и режиссера Сергея Бодрова-старшего. С 1989 по 1994 годы учился на отделении истории искусства исторического факультета МГУ имени Ломоносова. С 1994 по 1996 годы - аспирант того же отделения. Затем работал школьным учителем, кондитером на фабрике "Ударница", спасателем на пляже в Италии, журналистом. С 1997 по 1999 год - автор и ведущий телевизионной программы "Взгляд". В 1998 году на кафедре истории искусства МГУ защитил кандидатскую диссертацию по теме "Архитектура в венецианской живописи Возрождения".

Первый раз в кино Сергей Бодров оказался в маленьком эпизоде фильма Сергея Бодрова-старшего "СЭР" ("Свобода - это рай"). Это был фильм о тюрьме для малолетних преступников, и по сценарию режиссеру для короткого эпизода нужен был персонаж, стриженный наголо. Все артисты стричься наотрез отказались, тогда папа постриг собственного сына и поставил его в кадр. Однако настоящий дебют Сергея Бодрова состоялся в фильме "Кавказский пленник" (1996), который также ставил Сергей Бодров-старший (в титрах актер тогда еще указывался как "Сергей Бодров-младший"). За эту роль он был удостоен приза кинофестиваля "Кинотавр" и премии "Ника" в номинации "лучшая мужская роль", разделив эти награды с Олегом Меньшиковым. Съемочная группа "Кавказского пленника" была удостоена Государственной премии Российской Федерации. Затем последовали главные роли в сверхуспешных фильмах режиссера Алексея Балабанова "Брат" (1997) (приз за лучшую мужскую роль на Чикагском международном кинофестивале) и "Брат-2" (2000), а также роли в картинах Пола Павликовски "Стрингер" (The Stringer, 1998) и Режиса Варнье "Восток-Запад" (Est-Ouest, 1999).

В 2001 году С. Бодров дебютировал в режиссуре фильмом "Сестры", в котором сыграл небольшую роль-камео. "Сестры" были удостоены Гран-при фестиваля "Кинотавр" за лучший дебют, исполнительницы главных ролей О. Акиньшина и Е. Горина были награждены Дипломом жюри за лучший актерский дуэт. На Московском международном кинофестивале фильм "Сестры" участвовал в информационном показе и был удостоен ежегодной премии компании "Кодак" за лучший дебют. На Венецианском кинофестивале фильм принимал участие в программе "Кино настоящего" и получил приз "Jesolo Biennale". По состоянию на декабрь 2001 года фильм "Сестры" является лидером кино- и видеопроката среди российских фильмов.

На Московском международном кинофестивале 2001 года состоялась также премьера фильма "Давай сделаем это по-быстрому" (The Quickie, 2001), в котором у Сергея Бодрова небольшая роль. Летом и осенью 2001 года Сергей Бодров принимал участие в съемках двух новых полнометражных картин: "Война" (режиссер Алексей Балабанов, производство Кинокомпании СТВ. Фильм о судьбе заложников в Чечне, Сергей Бодров играет роль капитана Российской армии) и "Медвежий поцелуй" (Bear's Kiss), режиссер Сергей Бодров-старший, совместное производство компании Pandora Film (Германия) и Кинокомпании СТВ. Фильм о юной цирковой эквилибристке (Ребекка Лильеберг), влюбившейся в... медведя. Его-то и играет Сергей Бодров. Осенью 2001 года Сергей Бодров принимает участие в съемках программы "Последний герой", вышедшей на телеканале ОРТ.

20 сентября 2002 года в Кармадонском ущелье сошел ледник Колка. Более сотни человек до сих пор считаются без вести пропавшими, хотя в их трагической участи почти никто не сомневается. Среди них - Сергей Бодров, снимавший в горах Северной Осетии свой фильм "Связной".